Questa è una delle domande che nelle ultime settimane vengono rivolte più frequentemente al nostro Studio.
La stampa specializzata ha dedicato diversi approfondimenti alla questione, dai quali emerge un orientamento sostanzialmente uniforme: esistono valide argomentazioni per richiedere il rimborso delle somme riversate, ma è ancora prematuro valutare un eventuale contenzioso.
1. La sentenza del Consiglio di Stato del 14 luglio 2026
L’elemento sicuramente più importante è rappresentato dalla sentenza n. 5627 del 14 luglio 2026 del Consiglio di Stato che ha chiarito la non applicazione del Manuale di Frascati agli investimenti in ricerca e sviluppo effettuati nel periodo 2015-2019.
Tuttavia, l'Agenzia delle Entrate potrebbe sostenere che la pronuncia riguardi esclusivamente l'ambito amministrativo e, in particolare, le certificazioni richieste al MIMIT, senza produrre automaticamente effetti vincolanti nei giudizi tributari.
Diversa è la situazione delle imprese che hanno già un contenzioso in corso: la sentenza rappresenta un precedente particolarmente significativo, che i giudici tributari saranno inevitabilmente chiamati a valutare.
2. L'atto di indirizzo del MEF del 1° luglio 2025
Un'altra importante argomentazione è contenuta nell'atto di indirizzo n. 18 del 1° luglio 2025, emanato dal Ministero dell'Economia e delle Finanze.
Il documento ribadisce un principio fondamentale noto a tutti: le circolari amministrative non costituiscono fonti del diritto.
Inoltre, chiarisce la distinzione tra crediti d'imposta inesistenti e non spettanti, con importanti conseguenze sui termini di recupero e sulle sanzioni applicabili.
In particolare, quando la contestazione riguarda esclusivamente il requisito dell'innovatività, il credito deve essere qualificato come non spettante, anziché inesistente:
· Credito non spettante: termine ordinario di recupero di cinque anni e sanzione del 30%.
· Credito inesistente: termine di recupero di otto anni e sanzione del 100%.
L'atto di indirizzo è vincolante per l'attività dell'Agenzia delle Entrate.
Tempistica della sua pubblicazione.
Il documento era stato annunciato già nell'ottobre 2024, ma è stato emanato soltanto il 1° luglio 2025, circa un mese dopo la scadenza del 3 giugno 2025 prevista per aderire alla procedura di riversamento.
Se fosse stato pubblicato prima di tale scadenza, molte imprese avrebbero potuto effettuare valutazioni differenti, molte compensazione del periodo 2015-2019 era prescritte per quanto riguarda l’innovatività.
Invece, le imprese hanno dovuto decidere se aderire al riversamento senza poter conoscere questo importante orientamento ministeriale.
3. Il caso particolare dei campionari e del design
Un'ulteriore questione riguarda le imprese che hanno utilizzato il credito d'imposta per attività relative ai campionari e al design.
Queste imprese avevano fatto legittimo affidamento sull’ammissibilità prevista dalla circolare dell'Agenzia delle Entrate n. 5/E del 16 marzo 2016, che richiamava la precedente circolare MISE n. 465586 del 16 aprile 2009.
Successivamente, con la risoluzione n. 41/E del 26 luglio 2022, l'Agenzia delle Entrate ha richiamato un parere del MISE dello stesso anno secondo il quale le attività di design non rientravano, in quanto tali, tra quelle agevolabili come ricerca e sviluppo.
Il problema è che questa interpretazione, resa pubblica nel 2022, è stata utilizzata retroattivamente per contestare crediti relativi ad attività svolte a partire dal 2015.
4. La strategia consigliata: continuare a pagare e presentare la richiesta di rimborso
Dagli approfondimenti pubblicati sulla stampa specializzata emerge un orientamento prudenziale che riteniamo condivisibile:
continuare a rispettare le scadenze del riversamento e, contemporaneamente, valutare la presentazione di una richiesta di rimborso.
In questa fase, infatti, non appare opportuno avviare subito nuovi contenziosi, considerato che l'Agenzia delle Entrate dispone ancora di argomentazioni difensive e non ci sono ancora sentenze.
La richiesta di rimborso ha invece una funzione essenzialmente cautelativa: evitare la possibile scadenza dei termini, in attesa di ulteriori chiarimenti normativi e giurisprudenziali.
5. I termini per presentare la richiesta di rimborso
Anche su questo aspetto l'orientamento prudenziale è quello di considerare il termine di 24 mesi dalla data dell'effettivo versamento.
In particolare, non appare prudente far decorrere i 24 mesi dalla sentenza del Consiglio di Stato del 14 luglio 2026.
A titolo esemplificativo:
· Versamento effettuato il 16 dicembre 2024: presentazione della richiesta entro il 16 dicembre 2026.
· Versamento effettuato il 3 giugno 2025: presentazione della richiesta entro il 3 giugno 2027.
6. L'importanza delle motivazioni indicate nella domanda di riversamento
Prima di presentare la richiesta di rimborso è indispensabile esaminare la documentazione relativa all'adesione alla procedura.
Il primo elemento da verificare è la motivazione indicata nella domanda di riversamento.
Se l'adesione fa riferimento all'innovatività secondo il Manuale di Frascati, esistono argomentazioni particolarmente significative a sostegno della richiesta.
Diversa è la situazione delle imprese che hanno aderito al riversamento a seguito di contestazioni dell'Agenzia delle Entrate riguardanti anche altri aspetti, come l'effettivo svolgimento delle attività, l'ammissibilità delle spese, la documentazione dei costi, ecc.
7. Cosa succede dopo la richiesta di rimborso?
Sicuramente l’Agenzia delle Entrate respingerà la richiesta o non si pronuncerà.
A quel punto, le imprese dovranno valutare se e quando intraprendere il contenzioso tributario.
La strategia consiste quindi nel tutelare tempestivamente la posizione dell'impresa e valutare successivamente, sulla base dell'evoluzione normativa e giurisprudenziale, l'opportunità di procedere in giudizio.
Un esempio può chiarire il ragionamento.
Se nei prossimi mesi anche la Corte di Cassazione dovesse pronunciarsi sulla non applicabilità del Manuale di Frascati ai crediti maturati nel periodo 2015-2019, verrebbe notevolmente indebolita una delle principali argomentazioni difensive dell'Agenzia delle Entrate.
Presentare oggi la richiesta di rimborso consente quindi di evitare il rischio di perdere questa opportunità per il decorso dei termini.
8. Il contributo a fondo perduto previsto dalla legge n. 207/2024
La legge n. 207 del 30 dicembre 2024 ha previsto un contributo a fondo perduto a favore delle imprese che hanno aderito alla procedura di riversamento del credito d'imposta R&S.
Ad oggi non risultano ancora disponibili indicazioni operative sull'erogazione.
9. Le valutazioni della Overnoa STP
Alla luce dell'attuale situazione, Overnoa STP, in questa prima fase, assumerà incarichi esclusivamente per la predisposizione delle richieste di rimborso, con l'obiettivo di tutelare le imprese dal rischio di decadenza.
L'eventuale successivo contenzioso sarà valutato insieme alle aziende.
10. Considerazioni conclusive
Per comprendere quanto possa essere lungo il percorso necessario a chiarire queste questioni, è sufficiente ricordare alcuni passaggi:
· 9 febbraio 2018: il MISE richiama il Manuale di Frascati nella propria prassi interpretativa.
· 26 luglio 2022: l'Agenzia delle Entrate pubblica la risoluzione n. 41/E relativa alle attività di design.
· 1° luglio 2025: il MEF emana l'atto di indirizzo n. 18 sulla distinzione tra crediti inesistenti e non spettanti.
· 14 luglio 2026: il Consiglio di Stato, con la sentenza n. 5627, interviene sulla questione dell'applicabilità del Manuale di Frascati agli investimenti del periodo 2015-2019.
Sono trascorsi circa otto anni dal richiamo al Manuale di Frascati nella prassi ministeriale prima che il Consiglio di Stato intervenisse con una pronuncia di particolare rilievo.
Analogamente, sono stati necessari setta anni per ottenere un chiarimento ministeriale sulla distinzione tra crediti inesistenti e non spettanti.
Resta ancora da verificare quale orientamento assumerà la Corte di Cassazione.
Le motivazioni per richiedere la restituzione delle somme riversate sono numerose. Tuttavia, allo stato attuale, potrebbero non essere ancora sufficienti per sperare in un esito favorevole del contenzioso.
È quindi probabile che il percorso sia ancora lungo.
La priorità, oggi, è non lasciare decorrere inutilmente i termini per richiedere il rimborso, riservandosi di valutare il contenzioso quando il quadro giuridico sarà più chiaro.
Siamo in Italia e le imprese giustamente hanno da tempo perso la fiducia sui tempi della nostra giustizia.
